La contaminazione può avvenire in diversi modi: a causa di carenze igienico – sanitarie nelle fasi di produzione, trasformazione, conservazione e commercializzazione.

La contaminazione può avvenire da contatto diretto con superfici di strumentazioni ed attrezzature non correttamente igienizzate; o in modo “incrociato”, per contatto con altre matrici alimentari o con matrici ad un altro stato di lavorazione.